Возьмем греческое слово thymos (дух, душа, мысль, гнев). Греческий ипсилон произошел от индоевропейской долгой "u", которая в русском языке часто превращалась в "ы" (но иногда осталась "у"). Заменяя буквы в слове thymos и отбрасывая греческое окончание, получаем "дым".
Смотрим этимологию слова thymos. Корень - thyo: дымить, приносить жертву (отсюда "фимиам"), а первоначальное его значение - дуть, дышать. Итак, в русском и греческом дух или душа происходят от "дышать", а оно родственно слову "дым" (видимо, как видимое состояние воздуха, которым дышут). В латинском есть родственное слово "fumus", которое дало итальянское слово со значением "курить".
Если есть в греческом thymos и в русском дым, поищем подобное слово в санскрите (Санскр. сл.), оно должно быть похоже на du^m-. Находим слово dhu^ma (ударение на "a"). У него два значения: дым и пар, причем в производных словах "пар" превращается часто в "туман". Смотрим этимологию слова "туман" (Этимол. сл.) - оно происходит от тюркского "duman" (дым, туман), а там оно из персидского, т.е., тоже индоевропейского, языка. Как видим, дым и туман родственны не только в русском языке.
Вернемся в греческий язык к слову thyo^ (приносить жертву <- дымить <- дуть). Его оригинал в санскрите должен быть после удаления окончания похож на "du^-". Действительно, есть слово dhu^ - "трясти, двигать, раздувать". Есть производное слово dhu^nana - ветер. Как видим, русское "дуть" - это вариант корня, в котором долгое "u" дало не "ы", а "у".
Возможно, слово dhu^ дало русское "двигать" в третьем варианте преобразования долгого "u" - в "в", как в слове "дверь".
Возможно, русское "думать" образовалось из этого же гнезда, как и греческое "thymos", обозначавшее разнообразные душевные движения, как само, так и в производных словах.